Kuna aina nyingi za peptidi za transmembrane, na uainishaji wao unategemea sifa za kimwili na kemikali, vyanzo, taratibu za kumeza, na matumizi ya matibabu.Kulingana na mali zao za kimwili na kemikali, peptidi za kupenya za membrane zinaweza kugawanywa katika aina tatu: cationic, amphiphilic na hydrophobic.Peptidi zinazopenya za membrane ya cationic na amphiphilic huchangia 85%, wakati peptidi za hydrophobic zinazopenya huchangia 15% tu.
1. Utando wa cationic unaopenya peptidi
Peptidi za transmembrane za Cationic zinaundwa na peptidi fupi zenye arginine, lysine, na histidine, kama vile TAT, Penetratin, Polyarginine, P22N, DPV3 na DPV6.Miongoni mwao, arginine ina guanidine, ambayo inaweza kuunganisha hidrojeni na vikundi vya asidi ya fosforasi iliyo na chaji hasi kwenye membrane ya seli na kupatanisha peptidi za transmembrane kwenye utando chini ya hali ya thamani ya kisaikolojia ya PH.Uchunguzi wa oligarginine (kutoka 3 R hadi 12 R) ulionyesha kuwa uwezo wa kupenya wa membrane ulipatikana tu wakati kiasi cha arginine kilikuwa chini ya 8, na uwezo wa kupenya wa membrane uliongezeka hatua kwa hatua na ongezeko la kiasi cha arginine.Lysine, ingawa cationic kama arginine, haina guanidine, hivyo wakati ipo peke yake, ufanisi wake wa kupenya utando si juu sana.Futaki et al.(2001) iligundua kuwa athari nzuri ya kupenya kwa utando inaweza kupatikana tu wakati membrane ya seli ya cationic inayopenya peptidi ilikuwa na angalau asidi 8 za amino zenye chaji.Ingawa mabaki ya asidi ya amino yenye chaji chanya ni muhimu kwa peptidi za kupenya kupenya kwenye utando, amino asidi nyingine ni muhimu sawa, kama vile W14 inapobadilika kuwa F, upenyezaji wa Penetratin hupotea.
Kundi maalum la peptidi za transmembrane za cationic ni mfuatano wa ujanibishaji wa nyuklia (NLSs), ambao una peptidi fupi zilizo na arginine, lysine na proline na zinaweza kusafirishwa hadi kwenye kiini kupitia pore changamano ya nyuklia.NLS zinaweza kugawanywa zaidi katika uchapaji mmoja na mara mbili, unaojumuisha nguzo moja na mbili za asidi za amino za kimsingi, mtawalia.Kwa mfano, PKKKRKV kutoka simian virus 40(SV40) ni NLS ya kuandika moja, wakati protini ya nyuklia ni NLS ya kuandika mara mbili.KRPAATKKAGQAKKKL ni mfuatano mfupi ambao unaweza kuchukua jukumu katika transmembrane ya membrane.Kwa sababu NLS nyingi zina nambari za malipo chini ya 8, NLS si peptidi za transmembrane zinazofaa, lakini zinaweza kuwa peptidi za transmembrane zinazofaa zinapounganishwa kwa ushirikiano na mfuatano wa peptidi haidrofobu kuunda peptidi za transmembrane za amfifili.
2. Amphiphilic transmembrane peptide
Peptidi za transmembrane za amfifili zinajumuisha vikoa vya haidrofili na haidrofobu, ambavyo vinaweza kugawanywa katika amfifili ya msingi, ya sekondari ya α-helical amfifili, β-folding amfifili na prolini iliyotajirishwa ya amfifili.
Peptidi za membrane za amfifili za aina ya msingi katika makundi mawili, kategoria yenye NLSs zilizounganishwa kwa ushirikiano na mfuatano wa peptidi ya haidrofobu, kama vile MPG (GLAFLGFLGAAGSTMGAWSQPKKKRKV) na Pep - 1 (KETWWETWWTEWSQPKKRKV), Zote mbili zinatokana na ishara ya ujanibishaji wa nyuklia ambayo PKK40RKV ya PKK4HKKKVKHKKKKVKV. kikoa cha MPG kinahusiana na mlolongo wa muunganisho wa glycoprotein 41 ya VVU (GALFLGFLGAAGSTMG A), na kikoa cha haidrofobu cha Pep-1 kinahusiana na nguzo tajiri ya tryptophan yenye utando wa juu unaofanana (KETWWET WWTEW).Hata hivyo, vikoa vya haidrofobu vya zote mbili vimeunganishwa na ishara ya ujanibishaji wa nyuklia PKKKRKV kupitia WSQP.Darasa lingine la peptidi za msingi za amfifili za transmembrane zilitengwa na protini asilia, kama vile pVEC, ARF(1-22) na BPrPr(1-28).
Peptidi za transmembrane za amfifili za α-helical hufunga kwenye utando kupitia α-heli, na mabaki ya asidi ya amino haidrofili na haidrofobu ziko kwenye nyuso tofauti za muundo wa helikali, kama vile MAP (KLALKLALK ALKAALKLA).Kwa utando wa aina ya beta wa kukunja wa peptidi ya amfifili, uwezo wake wa kuunda karatasi iliyo na beta ni muhimu kwa uwezo wake wa kupenya wa membrane, kama vile VT5 (DPKGDPKGVTVTVTVTVTVTGKGDPKPD) katika mchakato wa kutafiti uwezo wa kupenya wa membrane, kwa kutumia aina D. - amino asidi mutation analogues haikuweza kuunda beta kukunjwa kipande, kupenya uwezo wa utando ni duni sana.Katika peptidi za transmembrane za amfifili zilizoboreshwa za proline, polyproline II (PPII) huundwa kwa urahisi katika maji safi wakati proline imerutubishwa sana katika muundo wa polipeptidi.PPII ni hesi ya mkono wa kushoto iliyo na mabaki 3.0 ya asidi ya amino kwa kila zamu, kinyume na muundo wa kawaida wa mkono wa kulia wa alpha-hesi wenye mabaki 3.6 ya asidi ya amino kwa kila zamu.Peptidi za transmembrane zilizorutubishwa na proline zilijumuisha peptidi ya antimicrobial ya bovin 7(Bac7), polypeptide synthetic (PPR)n(n inaweza kuwa 3, 4, 5 na 6), nk.
3. Utando wa haidrofobu unaopenya peptidi
Peptidi za transmembrane za haidrofobu zina mabaki ya asidi ya amino yasiyo ya polar pekee, na chaji ya jumla chini ya 20% ya jumla ya malipo ya mfuatano wa asidi ya amino, au huwa na sehemu za haidrofobu au vikundi vya kemikali ambavyo ni muhimu kwa transmembrane.Ingawa peptidi hizi za transmembrane za seli mara nyingi hazizingatiwi, zipo, kama vile fibroblast growth factor (K-FGF) na fibroblast growth factor 12(F-GF12) kutoka sarcoma ya Kaposi.
Muda wa posta: Mar-19-2023